Заседал в зале церковных Соборов храма Христа Спасителя, в работе А. ю. С. участвовали 144 архипастыря.
После совершения Божественной литургии в Успенском соборе Московского Кремля Собор открыл Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. Затем А. ю. С. утвердил программу и регламент заседаний. Президиум Собора в соответствии с «Уставом об управлении Русской Православной Церкви» составил Свящ. Синод. Собор избрал секретариат из 4 архиереев во главе с секретарем Собора - Управляющим делами Московской Патриархии митр. Солнечногорским Сергием (Фоминым), Редакционную комиссию из 11 иерархов под председательством митр. Смоленского и Калининградского Кирилла (Гундяева), Председателя ОВЦС МП, а также Мандатную комиссию из 3 архиереев под председательством митр. Одесского и Измаильского Агафангела (Саввина).
В первый день заседаний Патриарх Алексий огласил доклад «Русская Православная Церковь на рубеже веков», в к-ром дал характеристику деятельности РПЦ на исходе 2-го тысячелетия и привел статистические данные: к 2000 г. в Московский Патриархат входило 130 епархий, возглавлявшихся 128 епархиальными и 25 викарными архиереями, 545 мон-рей, 19 417 приходов. В докладе Первосвятителя были подробно освещены и проанализированы состояние высшего и епархиального церковного управления, проблемы приходской жизни, мон-ри и монашество, состояние системы духовного образования, церковный бюджет и хозяйственная деятельность РПЦ, церковная печать, церковное служение молодежи, социальное служение Церкви, миссионерство, а также вопросы взаимоотношений Церкви с армией и правоохранительными учреждениями. Свой доклад Святейший Патриарх завершил представлением задач, стоявших перед А. ю. С.: оценка деятельности РПЦ на рубеже тысячелетий, канонизация Собора святых мучеников и исповедников и иных угодников Божиих, принятие новой редакции «Устава Русской Православной Церкви», рассмотрение проекта «Основ социальной концепции Русской Православной Церкви» и проекта документа об основных принципах отношений Русской Церкви с инославными Церквами.
14 авг. участники Собора обсудили доклад Святейшего Патриарха. Особое внимание в ходе дискуссии было уделено вопросу о статусе Украинской Православной Церкви (УПЦ) и межконфессиональным и церковно-гос. отношениям на Украине. По этой теме выступили Львовский архиеп. Августин (Маркевич), речь к-рого носила остропроблемный характер, а также Одесский митр. Агафангел, архиепископы Винницкий Макарий (Свистун), Черкасский Софроний (Дмитрук), епископы Тульчинский Ипполит (Хилько), Каменец-Подольский Феодор (Гаюн), Белоцерковский Серафим (Зализницкий) и др. архипастыри, представлявшие УПЦ. Положение правосл. Церкви в Эстонии осветил в своем выступлении архиеп. Таллинский и всея Эстонии Корнилий (Якобс). В дискуссии по его докладу прозвучал призыв к признанию правительством Эстонии Эстонской Православной Церкви Московского Патриархата правовым субъектом, не прекращавшим своего существования в 1940 г. и неизменно действовавшим на территории Эстонии, приспосабливая свою структуру к обстоятельствам времени. Среди др. тем, поднимавшихся при обсуждении доклада Святейшего Патриарха, были пастырская и духовническая практика, богословское образование, монашеская жизнь, отношение к межхрист. связям.
На вечернем заседании председатель синодальной Комиссии по канонизации святых митр. Крутицкий и Коломенский Ювеналий (Поярков) представил доклад о прославлении новых мучеников и исповедников Российских XX в., а также подвижников веры и благочестия, подвизавшихся в разные исторические эпохи, особо в докладе говорилось о прославлении имп. Николая II и др. царственных мучеников. В состоявшейся затем дискуссии в центре внимания оказался вопрос о канонизации императора и членов его семьи. Предложение о прославлении царственных мучеников поддержали митрополиты Ставропольский Гедеон (Докукин), Челябинский Иов (Тывонюк), Рязанский Симон (Новиков), архиепископы Львовский Августин, Астанайский Алексий (Кутепов), Псковский Евсевий (Саввин) и др. архипастыри. Сомнение в церковной пользе такого акта выразил только Брюссельский архиеп. Симон (Ишунин), к-рый сказал, что вопрос о прославлении имп. Николая II не объединяет, но разделяет его паству. После обстоятельной дискуссии А. ю. С. единогласно принял решение прославить для общецерковного почитания в лике святых Собор новомучеников и исповедников Российских XХ в., поименно известных и доныне миру не явленных, но ведомых Богу. С включением в Собор ранее канонизированных местночтимых новомучеников число прославленных новомучеников и исповедников составило более 1200; в результате соборной канонизации сонм рус. святых по меньшей мере троекратно превзошел число рус. святых, канонизированных ранее за всю историю Русской Церкви.
В сонме новомучеников и исповедников Российских Собором были прославлены как страстотерпцы имп. Николай II, императрица Александра Феодоровна, царевич Алексий, вел. княжны Ольга, Татиана, Мария и Анастасия, бессудно убиенные в Екатеринбурге 17 июля 1918 г. Собором были также канонизированы еще 57 святых, послуживших Богу и Церкви в разные исторические периоды, среди них - сщмч. митр. Арсений (Мацеевич), валаамские преподобномученики, убитые швед. протестантами, оптинские старцы, ранее местночтимые, подвижники ХХ в.: преподобные Алексий Зосимовский, Серафим Вырицкий, св. прав. Алексий Мечёв.
Вслед за принятием деяния о канонизации святых А. ю. С. заслушал доклад председателя синодальной Богословской комиссии Патриаршего экзарха всея Беларуси митр. Минского и Слуцкого Филарета (Вахромеева), посвященный деятельности возглавляемой им комиссии и освещению разрабатываемых ею тем, в частности состоянию богословской мысли РПЦ и ее взаимоотношениям с инославием. После краткой дискуссии по докладу Собор одобрил предложенный проект документа «Основные принципы отношения Русской Православной Церкви к инославию», в к-ром, с одной стороны, правосл. Церковь характеризуется как единственная из конфессий, тождественная единой святой соборной и апостольской Церкви Символа веры, а с др.- признается относительная церковность и инославных Церквей, насколько они сохранили наследие древней Церкви.
Во 2-й половине дня вниманию участников А. ю. С. были представлены доклады руководителей синодальных учреждений Московского Патриархата. Председатель Миссионерского отдела Белгородский архиеп. Иоанн в своем докладе говорил, в частности, о религиозно-просветительских изданиях на языках народов России, осуществленных возглавляемым им отделом, об организованных отделом миссионерских поездках, к-рых в 1999 г. состоялось 93. Вопросам социального служения и благотворительности был посвящен доклад Управляющего делами Московской Патриархии Солнечногорского митр. Сергия, сделавшего акцент на особой значимости социального служения Церкви в условиях резкого имущественного расслоения российского об-ва.
О служении РПЦ в области религ. образования и катехизации Собору доложил председатель соответствующего отдела игум. Иоанн (Экономцев), к-рый, в частности, сказал о введении с 2000 г. в светских высших школах гос. стандарта по специальности «теология». Председатель Всецерковного правосл. молодежного движения Костромской архиеп. Александр (Могилёв) предложил в своем докладе преобразовать руководящий орган возглавляемого им движения в синодальный отдел по молодежному служению. Издательской деятельности Московского Патриархата был посвящен доклад Председателя Издательского совета Бронницкого архиеп. Тихона (Емельянова). Проблемы духовного образования в РПЦ были рассмотрены в докладе председателя Учебного комитета при Свящ. Синоде Верейского архиеп. Евгения (Решетникова), докладчик привел также статистические сведения о системе духовного образования: в 2000 г. в ведении Учебного комитета состояли 5 ДА, 1 богословский ин-т (ПСТБИ), 27 ДС, 27 ДУ и 6 пастырских курсов (также действовали 2 правосл. ун-та, находившиеся в ведении Отдела по религ. образованию и катехизации). Особое внимание архиеп. Евгений уделил проблемам, возникающим в связи с осуществляемой уже в течение неск. лет реформой духовной школы. Председатель Отдела по взаимодействию Церкви с Вооруженными силами и правоохранительными учреждениями Красногорский еп. Савва (Волков) в своем докладе акцентировал внимание на возрождении служения военного и тюремного духовенства.
На утреннем заседании 16 авг. А. ю. С. заслушал и подверг детальному обсуждению доклад митр. Кирилла, председателя ОВЦС МП, о деятельности возглавляемого им отдела в межсоборный период. Основными темами состоявшейся затем продолжительной дискуссии стали межхрист. отношения и церковная ситуация на Украине. В обсуждении доклада среди проч. приняли участие Челябинский митр. Иов, архиепископы Донецкий Иларион (Шукало), Клинский Лонгин (Талыпин), Таллинский Корнилий, Астанайский Алексий, Самарский Сергий (Полеткин), епископы Мурманский Симон (Гетя), Петропавловский Игнатий (Пологрудов), Полоцкий Феодосий (Бильченко), Житомирский Гурий (Кузьменко), Владивостокский Вениамин (Пушкарь). В выступлениях, посвященных церковной ситуации на Украине, содержались предложения об изменении статуса Украинской Церкви, причем разного характера: Тульчинский еп. Ипполит высказался за возвращение ей прежнего статуса экзархата, а Черкасский архиеп. Софроний - за предоставление Украинской Церкви полной автономии. В завершение дискуссии по вопросу о статусе Украинской Церкви выступил ее Предстоятель Блаженнейший митр. Киевский и всея Украины Владимир (Сабодан), к-рый отверг крайние предложения как о возвращении к статусу экзархата, так и о полной автономии.
Затем митр. Смоленский Кирилл выступил еще с одним докладом, в к-ром представил проект новой редакции Устава Русской Православной Церкви. После детального и остродискуссионного рассмотрения каждого раздела Устав был принят Собором с рядом поправок. Издание нового Устава было вызвано в первую очередь тем, что после политических перемен нач. 90-х гг. XX в. РПЦ оказалась в радикально иных правовых условиях, чем прежде: она обрела свободу и одновременно ее каноническая территория вследствие распада СССР оказалась в пределах неск. гос-в. Кроме того, церковная жизнь 90-х гг. обнаружила, что нек-рые положения Устава 1988 г. либо нецелесообразны практически, либо требуют изменения по соображениям канонического характера. Главные новации Устава 2000 г. заключаются в перераспределении компетенции Поместного и Архиерейского Соборов в сторону расширения полномочий Архиерейского Собора. В этой связи в новом Уставе уже не предусматривается периодичность в созыве Поместных Соборов, декларированная Уставом 1988 г., но ввиду реальных условий церковной жизни оказавшаяся нереализованной. Новый Устав предусматривает реформу в сфере церковного суда: положения, регламентирующие судоустройство и распределение компетенции разных инстанций церковного суда, выделены в Уставе в отдельную главу. Устав устанавливает различный статус для Церквей, имеющих разный уровень самостоятельности по отношению к кириархальной - Русской Православной Церкви. В новом Уставе положения, регламентирующие управление церковным имуществом, сформулированы с учетом ныне действующего законодательства, признающего за церковными учреждениями права юридических лиц.
В заключительных параграфах вводной главы содержатся 2 важных положения: «Должностные лица и сотрудники канонических подразделений, а также клирики и миряне не могут обращаться в органы государственной власти и в гражданский суд по вопросам, относящимся к внутрицерковной жизни, включая каноническое управление, церковное устройство, богослужебную и пастырскую деятельность» (см. 11-е прав. Антиох.) - и другое: «Канонические подразделения Русской Православной Церкви не ведут политической деятельности и не предоставляют свои помещения для проведения политических мероприятий». Эта норма косвенным образом вытекает из 81-го Апостольского правила, к-рое гласит: «Не подобает епископу или пресвитеру вдаватися в дела народного управления». Изменено название Устава: ранее это был «Устав об управлении…», новый акт именуется «Уставом Русской Православной Церкви». Однако основные положения и бо́льшая часть формулировок Устава 2000 г. совпадают с положениями и текстом предыдущего Устава, поэтому до известной степени ныне действующий Устав можно рассматривать не как новый документ, но как новую редакцию прежнего.
В последней главе Устава констатируется, что «с момента принятия настоящего Устава утрачивает силу Устав об управлении Русской Православной Церкви, принятый Поместным Собором 8 июня 1988 года». Право внесения поправок к Уставу предоставляется здесь Архиерейскому Собору, ранее такой компетенцией обладал Поместный Собор. Поэтому, чтобы не войти в противоречие с положениями прежнего Устава, А. ю. С. по предложению митр. Крутицкого Ювеналия внес в определение положение о том, что настоящий Устав будет рассматриваться и утверждаться на следующем Поместном Соборе, после чего эта важнейшая законодательная функция - принятие Устава и внесение в него изменений - окончательно станет исключительной прерогативой Архиерейского Собора.
Собор обсудил и принял «Послание боголюбивым пастырям, честному иночеству и всем верным чадам Русской Православной Церкви», «Определение об Украинской Православной Церкви», в к-ром был установлен ее статус самоуправляемой Церкви с широкой автономией, «Определение о положении Православной Церкви в Эстонии» и «Определение о вопросах внутренней жизни и внешней деятельности Русской Православной Церкви». Участники Собора направили Президенту РФ В. В. Путину письмо, в к-ром была поставлена проблема возврата церковной собственности. Работа А. ю. С. завершилась вечером 16 авг.
Во время деяний А. ю. С. поступила трагическая весть о катастрофе российской подводной лодки «Курск» в Баренцевом м. В связи с этим отцами Собора во главе со Святейшим Патриархом была вознесена молитва о спасении экипажа лодки.
18 авг. в зале церковных Соборов храма Христа Спасителя состоялся торжественный акт, посвященный 2000-летию Рождества Христова, на к-ром присутствовали участники Собора, духовенство и миряне Москвы, высокие гости, представлявшие Поместные правосл. Церкви, в т. ч. Католикос-Патриарх всей Грузии Илия II, Патриарх Румынский Феоктист, Патриарх Болгарский Максим. Центральным выступлением был доклад Святейшего Патриарха Алексия, в к-ром Предстоятель охарактеризовал основные проблемы, стоящие перед РПЦ накануне XXI в. 20 авг. в храме Христа Спасителя состоялась канонизация святых, прославленных Собором. А. ю. С. явился событием исключительной важности в истории Русской Церкви. Его значение определяется прежде всего беспримерной канонизацией Собора новых мучеников и исповедников Российских, принятием «Основ социальной концепции Русской Православной Церкви» и нового Устава. Эти акты Собора дают основание поставить его в ряд таких событий истории Церкви, как Стоглавый Собор или Поместный Собор 1917 -1918 гг.